LBEG

El Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica (LBEG) fue creado en el año 2003 con el objetivo de desarrollar un programa de investigación que aborda aspectos fundamentales y aplicados de la regulación génica en células y organismos. El objetivo a largo plazo es reforzar el vínculo entre los estudios básicos sobre mecanismos de regulación de genes y la aplicación de estos conocimientos en el análisis de datos masivos de expresión génica diferencial, anotación funcional de genes y genomas y la interpretación de redes de regulación génica. Los científicos del LBEG con una sólida formación en biología celular/molecular y genética contribuyen al logro de este objetivo a través de proyectos de investigación básica y aplicada. Los modelos experimentales utilizados son eucariontes (animales y cultivos celulares) y organismos procariontes. Las tecnologías aplicadas incluyen, genómica, bioinformática y genética molecular.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Infraestructura

 

El laboratorio de Bioinformatica y Expresión Génica (LBEG) cuenta con infraestructura de última generación para el trabajo en genómica funcional y biología molecular. El LBEG está situado en la primera planta del INTA de la Universidad de Chile, y es parte integral del Centro de Regulación del Genoma (CGR). El laboratorio ocupa aproximadamente 300 m2 de superficie divididos en: Laboratorio de Biología Molecular y escritorios de estudiantes; Laboratorio de cultivo y trabajo con Dípteros; Laboratorio de cultivo celular; Laboratorio de cultivo bacteriano; Unidad de Genómica Aplicada y Laboratorio de Bioinformática. En la actualidad, trabajan en el LBEG 5 académicos, 6 postdoctorados, 5 estudiantes de postgrado y 5 técnicos de laboratorio.

El principal equipamiento del Laboratorio consiste en: Termocicladores LightCycler y Stratagene para real-time PCR, Biorad Personal Molecular Imagen FX, Perkin Elmer ScanArray Gx, NanoQuant (Tecan), SureScan Microarray Scanner (Agilent), Agilent 2200 TapeStation, Microscopio trinocular Nikon Eclipse 80i con sistema DIC, Fast-prep 24 Sample Preparation System (MP Biomedicals). Además el laboratorio cuenta con: tres termocicladores, dos espectrofotómetros, concentrador Savant speed-vac, dos autoclaves, dos congeladores de -80 C°, dos centrifugas refrigeradas, tres campanas de flujo laminar, campana de extracción, aparatos para electroforesis vertical y horizontal, fuentes de poder, sistema de adquisición de imágenes, dos lupas estereoscópicas, microcentrífugas, etc. Para el trabajo con células cuenta con dos campanas de flujo laminar, tres incubadoras y microscopios. Para el trabajo con bacterias cuenta con una campana de flujo laminar y tres incubadoras con agitación. Para el trabajo en bioinformática cuenta con un servidor de alta capacidad de almacenamiento y memoria y equipado con múltiples núcleos para el procesamiento de cálculos complejos y algoritmos bioinformáticos. El LBEG forma parte de la Unidad de Nutrición Básica del INTA, la que dispone de un Microscopio confocal Nikon C2 Plus-SiR con sistema de cuatro laser (longitudes de onda 405/488/561/640) y un equipo de Fluorescencia de Rayos X por Reflexión Total (TXRF).

 

Técnicas experimentales para la obtención de datos

 

La infraestructura y el know-how del LBEG permiten realizar técnicas experimentales, tales como: análisis transcriptómicos (microarrays y secuenciación de RNA), secuenciación de alto rendimiento utilizando diferentes plataformas (Illumina HiSeq, Roche 454 GS FLX, Ion Torrent PGM), análisis bioinformático, genotipificación y genómica cuantitativa, anotación funcional de genomas, técnicas de DNA recombinante, PCR cuantitativo en tiempo real, ensayos de interferencia mediada por RNA, ensayos de genes reporteros en células, desarrollo de sistemas para la bio-detección de microorganismos patógenos, microscopia confocal, in vivo imaging, etc.